עמותת ידידי מגלן הוקמה במהלך שנת 2006, ע"י מפקדי ולוחמי היחידה בעבר.
מגלן הינה יחידה משפחתית, ומרבית לוחמיה ממשיכים לשרת בה גם במילואים, ומכאן נולד הצורך לאגד פעילות גם במסגרת עמותה.
העמותה מהווה בית חם לחיילי המילואים של היחידה וקשר חי וחזק עם יחידת הסדיר. בין יחידת הסדיר ליחידת המילואים מתנהלות ישיבות קבועות להסדרת הפעילות המשותפת. פעילות זו הגיע לשיא בזמן הכנת אירוע ה-20 שנה ליחידה שנערך באוגוסט 2007.

מטרות העמותה:

• לפעול למען שיפור תנאי השרות של חיילי יחידת מגלן בסדיר ובמילואים
• לשמר ולטפח את מורשת היחידה
• לסייע לחיילים ולמשפחותיהם במקרה מחלה, מוות, אסון או כל מקרה קשה אחר
• לקשר בין המשפחות השכולות ליחידה ולהנציח הנופלים
• להקים מפעלים למען רווחת היחידה בסדיר ובמילואים

בעלי תפקידים בעמותה:
יו"ר העמותה -  סגן אלוף במיל' אלי ילוז
גזבר העמותה – רב סרן במיל' מוסי רז
עו"ד העמותה – סגן אלוף במיל'  צביקה ברנס (מג"ד מילואים)